जतीन मुखर्जी (6 दिसंबर 1879 – 10 सितंबर 1915) एक प्रसिद्ध भारतीय क्रांतिकारी थे। उनका जन्म बंगाल के नदिया जिले के कुष्टिया (अब बांग्लादेश में) स्थित कायाग्राम गांव में एक सामान्य परिवार में हुआ था। उनके पिता का नाम उमेशचंद्र था, मां का नाम शरतशशी था, और उनकी बहन का नाम बिनोदीबाला था। उनकी मां एक उत्कृष्ट कवयित्री थीं। जतीन के बचपन में ही उनके पिता का निधन हो गया, जिसके बाद उनकी मां ने उनकी देखभाल की।
जतीन मुखर्जी को बचपन से ही शारीरिक खेलों में रुचि थी। वे बलिष्ठ और सेवाभावी स्वभाव के थे। उन्होंने बचपन में नाटकों में भक्तप्रल्हाद, ध्रुव, हनुमान, और राजाहरिश्चंद्र की भूमिकाएं कीं, जिनका उन पर गहरा प्रभाव पड़ा। कायाग्राम में एक वाघ को कुकरी की मदद से मारने के कारण उन्हें ‘बाघाजतीन’ के नाम से भी जाना जाता है।
उनकी प्रारंभिक शिक्षा कृष्णनगर के अँग्लो-व्हर्नाक्युलर स्कूल में हुई। इसके बाद उन्होंने कलकत्ता सेंट्रल कॉलेज (अब खुदीराम बोस कॉलेज, कोलकाता) में ललितकला की पढ़ाई शुरू की। यहां उन्हें स्वामी विवेकानंद से प्रेरणा मिली और उन्होंने सामाजिक और राजनीतिक कार्यों की दिशा में कदम बढ़ाया। स्वामी विवेकानंद ने उनकी शारीरिक क्षमता को देखते हुए उन्हें कुस्तीपटू अंबिका चरण गुहा के व्यायामशाला में प्रशिक्षण के लिए भेजा।
1899 में, ब्रिटिश शिक्षा प्रणाली से असंतुष्ट होकर, जतीन ने अपनी पढ़ाई छोड़ दी और बॅरिस्टर प्रिंगल केनडी के लेखन और ऐतिहासिक अनुसंधान से प्रभावित होकर मुजफ्फरपुर में उनके सचिव के रूप में काम करने लगे। 1900 में उनका विवाह इंदुबाला बनर्जी से हुआ। उनके चार बच्चे हुए: अतींद्र (1903-1906), आशालता (1907-1976), तेजेंद्र (1909-1989), और बिरेंद्र (1913-1991)। इनमें से उनके पहले बच्चे की अकाल मृत्यु हो गई।
जतीन मुखर्जी ने 1900 में कलकत्ता सेंट्रल कॉलेज में पढ़ाई करते समय अनुशीलन समिति की स्थापना में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई। इस दौरान उनका संपर्क क्रांतिकारी योगी अरविंद घोष से हुआ और वे अनुशीलन समिति की शाखाएं बंगाल भर में खोलने में जुट गए। उन्होंने दार्जिलिंग में ‘बांधव समिति’ नामक अनुशीलन समिति की शाखा स्थापित की। 1908 में, जब कई बंगाली क्रांतिकारी अलिपूर बम केस में गिरफ्तार हुए, तो मुखर्जी ने क्रांतिकारी गतिविधियों की जिम्मेदारी संभाली और कई गुप्त संगठन स्थापित किए।
1910 में, अनुशीलन समिति ने अन्यायपूर्ण ब्रिटिश अधिकारियों को समाप्त करने की योजना बनाई। बिरेन दत्त द्वारा किए गए एक हमले में पुलिस अधिकारी समसुल आलम और एक सरकारी वकील को गोली मार दी गई। इस योजना में मुखर्जी की संलिप्तता के बारे में ब्रिटिशों को जानकारी मिली, और उन्हें कलकत्ता के फोर्ट विलियम में तैनात जाट रेजिमेंट को भड़काने के आरोप में गिरफ्तार कर लिया गया।
1911 में उनकी रिहाई के बाद, उन्होंने फ्रांसीसी अपराधी अराजकतावादी गुट बोनॉट गैंग की तकनीकों को अपनाया, जो बैंकों की लूट और मोटर कारों का उपयोग करती थी। इस तकनीक का उपयोग करके जतीन मुखर्जी ने भारत में क्रांतिकारी गतिविधियों के लिए धन जुटाने का प्रयास किया। वे बैंकों पर हमले करके धन प्राप्त करते थे और मोटर कारों की मदद से भाग जाते थे।
1914 में यूरोप में पहले विश्व युद्ध के दौरान, जतीन मुखर्जी ने भारतीय स्वतंत्रता संग्राम को सशस्त्र बगावत की दिशा में आगे बढ़ाने की योजना बनाई। गदर पार्टी, बर्लिन समिति, और अन्य भारतीय क्रांतिकारियों के साथ मिलकर उन्होंने एक योजना बनाई, जिसमें अफगानिस्तान में ब्रिटिश विरोधी बंड की तैयारी की गई।
हालांकि, ब्रिटिश गुप्तचर एजेंसियों ने इस योजना को नाकाम कर दिया और मुखर्जी को पकड़ने के लिए इनाम घोषित किया। अंततः, बलसोर (ओडिशा) में ब्रिटिश पुलिस के गोलीबारी में मुखर्जी के कुछ साथी मारे गए और मुखर्जी गंभीर रूप से घायल हुए। अंत में, उनकी मृत्यु हो गई।